Sekretariat Dinas Perhubungan Kabupaten Ketapang dipimipin oleh seorang Sekretaris yang berada dibawah dan bertanggungjawab kepada Kepala Dinas Perhubungan. Tugas Sekretaris yaitu membantu Kepala Dinas dalam menyiapkan bahan perumusan kebijakan teknis, koordinasi, pembinaan dan penyelenggaraan tugas di bidang rencana kerja dan keuangan, serta tata usaha, kepegawaian, perlengkapan dan umum. Fungsi Sekretaris yaitu :

1. Perencanaan dan penyusunan program operasional kerja di Dinas;
2. Pembagian tugas, pemberian petunjuk kerja, penyeliaan dan mengatur penyelenggaraan tugas di Dinas sesuai lingkup tugasnya;
3. Penyiapan bahan perumusan kebijakan dibidang rencana kerja dan keuangan, serta tata usaha, kepegawaian, perlengkapan dan umum;
4. Penyelenggaraan kegiatan, fasilitasi, koordinasi dan pembinaan sesuai dengan lingkup tugasnya;
5. Pengendalian kegiatan di Dinas;
6. Penyelenggaraan monitoring, evaluasi dan pelaporan pelaksanaan tugas di Dinas; dan
7. Pelaksanaan tugas lain yang diberikan oleh atasan sesuai dengan tugas dan fungsinya.